Il rapporto lago-abitato ha determinato la scelta delle zone su cui costruire le abitazioni e il tipo di strutture da realizzare, ad oggi completamente sconosciute per l’Eneolitico e l’età del Bronzo, solo parzialmente note e in studio per il Neolitico grazie agli scavi di Pizzo di Bodio e dell’Isolino Virginia.
Lo studio delle vecchie collezioni, frutto delle ricerche archeologiche di due secoli fa ha dimostrato che le tre stazioni di Bodio, sono state frequentate dall’uomo sicuramente dal Neolitico fino alla fine dell’età del Bronzo.
Così come oggi, anche nel passato l’ambiente varesino era estremamente vario dal punto di vista delle specie arboree presenti. Tra la fauna del Primo Neolitico si è notata la presenza del castoro, animale di habitat lacustre e con grande abbondanza di legname, come nel caso della zona del lago di Varese.
L’abitato, di tipo perispondale, oggetto di scavi archeologici dal 1985 al 1995, è posto a ridosso di un debole rilievo perilacustre chiamato Pizzo e dista dall’attuale riva del lago circa una settantina di metri; in linea d’aria l’Isolino si trova a circa 4 chilometri più a Nord Ovest.
L’abitato nel tempo è stato oggetto di fenomeni di fluttuazione lacustre e/o di acqua di ruscellamento dall’entroterra. Il primo livello testimonia una fase di dilavamento di spiaggia lacustre che ha eroso e rimaneggiato i resti dell’impianto più antico lasciando dello stesso residui di buche di palo, resti carboniosi, ossei e ceramici dilavati.
La scoperta di una piccola ascia in rame pressoché puro muta la distribuzione geografica dei ritrovamenti in Italia settentrionale di questo tipo di asce e fa delle Prealpi varesine il limite attuale più occidentale.
La Val Bodia, rinominata Val Bossa in onore dei signori di Azzate, degrada affacciandosi sul Lago di Varese con la collinetta di Bodio-Lomnago su cui domina il castello appartenuto nel XIII secolo ai nobili De Castello.
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